基因组数据库网站开发？ 基因组学数据库？
.../COG/KOG/eggNOG/Pfam/String/转录因子预测数据库的搭建
1、在研究基因功能注释的过程中，一项关键步骤是通过发掘新基因和转录本来补充现有基因组信息。首先，利用StringTie软件对Mapped Reads进行分析，与原有注释对比，以识别未被标记的新转录区域。
转录组测序不可忽略的小知识,最全参考基因组数据库,建议收藏!
访问NCBI网站，搜索框输入研究物种的拉丁名，点击搜索。 进入界面后，下拉找到Genomes中的Assembly部分，点击。 在Assembly页面，找到与研究物种相关的参考基因组版本，选择对应版本进入。 点击右侧的FTP directory for RefSeq assembly，跳转至FTP下载页面。
目的：将预处理后的测序数据与参考基因组或转录组进行比对，以确定基因或转录本的表达量。工具：Hisat2等比对工具能够准确地将测序数据定位到参考基因组上，为后续的表达量计算提供基础。表达量矩阵 目的：通过比对结果计算基因或转录本的表达量，得到基因表达量矩阵。
转录组测序（RNA-Seq）数据：TCGA上的转录组数据是全转录组测序结果，包含了lncRNA、mRNA、假基因等各种非编码RNA。可公开下载的RNA-Seq数据主要包括HT-Seq-FPKM、HT-Seq-UQ-FPKM、HT-Seq-Counts三种形式。
数据内容：TCGA收集的数据包括基因组测序数据、转录组测序数据、表观遗传学数据、蛋白质表达数据和临床病史数据等。这些多维度数据为癌症的遗传学和基因组学研究提供了全面的视角。综上所述，GWAS Catalog、UK Biobank和TCGA是孟德尔随机化研究中常用的GWAS数据库。
Tabula Muris是小鼠单细胞转录组数据库，详细描绘了小鼠不同生命周期细胞的转录特征。CancerSEA专注于癌症单细胞状态图谱解析，包含多种癌症类型的细胞数据。Cell Marker数据库汇集了细胞标志物信息，支持用户查询特定基因与细胞状态的关系。
植物多物种及多组学数据库汇总
Gramene：一个综合植物基因组、表型和生物信息学的数据库，网址为gramene.org。植物调控映射数据库：专注于植物调控信息，网址为plantregmap.gaolab.org。甲基化数据库：提供甲基化相关信息，网址为ngdc.cncb.ac.cn/methban。
- 植物公共RNA-seq文库在线搜索平台： 包含多种植物物种的转录组、小RNA、Ribo-seq和糖基化修饰RNA等数据的数据库。访问网址： [ipf.sustech.edu.cn/pub/]（ipf.sustech.edu.cn/pub/）- TreeGenes （A forest tree genome database）： 森林乔木基因组数据库，包括多个乔木物种的基因组序列、转录组数据、表型信息等。
IGTCM数据库在基因组注释、数据整合和功能分析方面展现出优越性能，提供了全面的草药基因组和成分数据资源。其独特之处在于KEGG注释和酶分类的结合，以及与多种物种的最小互操作性，支持基因、蛋白质、RNA和成分之间的联系。通过直观的网络界面，用户可以访问和下载数据，进行深入研究。
KEGG数据库最全介绍,一起来看看吧
1、KEGG数据库是一个集基因组、化学和系统功能于一体的强大生命科学数据库。以下是关于KEGG数据库的全面介绍：创建背景与目的：创建背景：由京都大学生物信息学中心Kanehisa实验室于1995年创建。目的：旨在揭示生命现象背后复杂的遗传与化学联系，作为国际上广泛使用的生物信息数据库。
2、KEGG数据库简介 KEGG，即京都大学生物信息学中心Kanehisa实验室于1995年创建的生物信息数据库。它集基因组、化学和系统功能于一体，揭示了生命现象背后的复杂遗传与化学联系。KEGG以其“生物系统高级功能和实用程序资源库”的称号在国际上被广泛使用。
3、KEGG数据库是一个从基因和分子网络角度分析基因功能的在线资源。以下是关于KEGG数据库的详细介绍：起源与背景：KEGG数据库由日本京都大学的Minoru Kanehisa教授在1995年人类基因组计划中发起。其核心在于PATHWAY子数据库，旨在提供代谢和调控通路图。
4、KEGG数据库是一个集成了基因组、化学和系统功能的综合数据库，以下是对其的详细介绍：核心特点：关联性：将基因组数据与细胞、物种和生态系统水平的系统功能紧密关联。图形化展示：通过图形化的形式呈现复杂的代谢途径及其相互关系，为研究者提供直观全面的了解途径。
常用网站介绍|基因宝库之Ensembl篇
1、Ensembl是一个由欧洲生物信息学研究所和桑格研究院合作开发的基因数据库，专注于为比较基因组学等领域提供强大支持。以下是关于Ensembl的详细介绍：主要功能：基因信息检索：用户可以通过检索框选择目标物种，并输入基因名称进行搜索，快速找到相关基因信息。
2、Ensembl，作为由欧洲生物信息学研究所和桑格研究院合作开发的基因宝库，为比较基因组学等领域的研究提供了强大支持。本文将重点讲解如何在Ensembl网站上针对脊椎动物寻找基因序列和使用BLAST功能。
